Laboratório Multiusuário Centralizado para Sequenciamento de DNA em Larga Escala e Análise de Expressão Gênica

Instituição: Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho

Cidade/UF: SP/s/n

Laboratório Multiusuário Centralizado para Sequenciamento de DNA em Larga Escala e Análise de Expressão Gênica é um laboratório multi-usário, que dispõe de recursos para prover o suporte de sequenciamento genômico e transcriptômico de amostras de animais, plantas, bactérias, fungos e vírus. O LMseq foi inaugurado em 2011 no campus da Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias - Câmpus de Jaboticabal (UNESP-FCAV), vinculado ao Departamento de Biotecnologia Agropecuária e Ambiental.

Áreas de atuação

• Genética Molecular
• Análise e processamento de dados biológicos, incluindo genômica, transcriptômica, anotação e prospecção de genes e proteínas
• Biologia Molecular
• Bioinformática
• Apoio a pesquisa, ensino e extensão

Técnicas disponíveis

• Analise de expressão gênica
• Genotipagem
• Biologia Molecular (PCR)
• Extração de DNA/RNA automatizada
• Análise de Bioinformática e Multiômica
• Sequenciamento de DNA/RNA "short-reads" - Plataforma Illumina (Miseq)
• Sequenciamento de DNA/RNA - Tecnologia Sanger
• Sequenciamento de DNA/RNA "long-reads" - Plataforma Oxford Nanopore - P2-Solo
• Quantificação de DNA/RNA
• Extração de DNA/RNA de alto peso molecular

Equipamentos

• 7500 Real-Time PCR System — Applied Biosystems 7500
• ABI 3130xl — Applied Biosystems 3130xl
• Autoclave vertical — Phoenix AV-150
• B.O.D. — Lecadema LUCA 161-01
• Bioanalyzer 2100 — Agilent 2100
• Biorreator Labfors 5 Mibrobial 7.5L — Infors HT Labfors 5 Microbial 7.5L
• BluePippin — Sage Science BluePippin
• Centrífuga de bancada microtubos e placas — Eppendorf 5804R/5810R/5418R
• Centrífuga de piso — Beckman coulter Avanti J-E
• GeneAmp PCR Systems — Applied Biosystems 9700
• Illumina MiSeq — Illumina MiSeq
• MinION — Oxford Nanopore Technologies MinION
• PromethION 2 — Oxford Nanopore Technologies P2SOLO
• QuantStudio 5 — Applied Biosystems QS5
• Qubit 2.0 Fluorometer — Invitrogen 2.0
• SeqStudio Genetic Analyzer — Applied Biosystems SeqStudio
• Servidor Dell BIOS 2.1.3 — Dell BIOS 2.1.3
• Servidor Dell PowerEdge T560 [2x Intel Xeon Gold 6438Y+, 16x RAM 64GB, NVIDIA L40, 2x SSD 1.92TB, 5x HDD 8TB, iDRAC9, Enterprise 16G)] — Dell T560
• Servidor Dell PowerEdge T560 [2x Intel Xeon Gold 6438Y+, 16x RAM 64GB, NVIDIA L40, 2x SSD 1.92TB, 5x HDD 8TB, iDRAC9, Enterprise 16G)] — Dell T560
• Shimadzu LC-40 NEXERA lite — Shimadzu LC-40
• Shimadzu SPD-M10A — Shimadzu SPD-M10A
• TapeStation 4200 — Agilent 4200
• Ultrafreezer — INDREL INDREL
• Ultrafreezer Série CryoCube® F440 - Freezer ULT — Eppendorf F440
• Ultrafreezer Série CryoCube® F440 - Freezer ULT — Eppendorf F440
• epMotion® 5075 — Eppendorf 5075

Dados extraídos do PNIPE/MCTI.